不一样的农商品发票，其进项税额也是不一样的，容易见到的状况有这四种：
1.从通常纳税人处购进获得增值税专用发票
1）在购入当期，应遵从农商品抵扣的通常规定，根据9%计算抵扣进项税额。
2）用于生产或者委托加工13%税率货物的农商品，根据10%的扣除率计算进项税额。
注意：农商品加计扣除建议分两步走，在购入当期，应遵从农商品抵扣的通常规定，根据9%计算抵扣进项税额；将来考虑用于生产或者委托加工13%税率货物的农商品，生产领用时加计1%扣除。
2.从小规模纳税人处购进获得增值税专用发票
1）用于初加工，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
2）用于生产或者委托加工13%税率货物的农商品，根据10%的扣除率计算进项税额。
前文讲到了小规模纳税人3%减按1%政策，那样新政策下，从小规模纳税人处获得的1%税率的农商品进项发票，能否根据9%计算抵扣进项税额呢？
简单来讲：通常纳税人获得小规模销售方开具的1%的专票到底可以抵扣9%的进项税！
3.获得海关进口增值税专用缴款书
增值税通常纳税人获得仅注明一个缴款单位信息的海关缴款书，应当登录本省(区、市)增值税发票选择确认平台(以下简称“选择确认平台”)查看、选择用于申报抵扣或出口退税的海关缴款信件息。通过选择确认平台查看到的海关缴款信件息与实质状况不同或未查看到对应信息的，应当上传海关缴款信件息，经系统稽核比对相符后，纳税人登录选择确认平台查看、选择用于申报抵扣或出口退税的海关缴款信件息。
增值税通常纳税人获得注明两个缴款单位信息的海关缴款书，应当上传海关缴款信件息，经系统稽核比对相符后，纳税人登录选择确认平台查看、选择用于申报抵扣或出口退税的海关缴款信件息。
4.获得农商品回收发票或销售发票
1.购进农商品，获得（开具）农商品销售发票或回收发票的，以农商品销售发票或回收发票上注明的农商品买价和9%的扣除率计算进项税额。
2.购进用于生产销售或委托受托加工13%税率货物的农商品，根据10%的扣除率计算进项税额。
3.纳税人购进农商品既用于生产销售或委托受托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工13%税率货物和其他货物服务的农商品进项税额。未分别核算的，统一以农商品回收发票或销售发票上注明的农商品买价和9%的扣除率计算进项税额。
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